Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXD9P28356 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD9P28356 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD9P28356 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HOXD9P28356 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXD9P28356 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms