Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BRPF3Q9ULD4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BRPF3Q9ULD4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms