Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
LIMD1Q9UGP4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMD1Q9UGP4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMD1Q9UGP4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMD1Q9UGP4 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMD1Q9UGP4 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMD1Q9UGP4 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMD1Q9UGP4 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms