Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LHX3Q9UBR4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
LHX3Q9UBR4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms