Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL7A1Q02388 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms