Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL4A3Q01955 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
COL4A3Q01955 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms