Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL9A1P20849 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms