Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CPSF3Q9UKF6 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CPSF3Q9UKF6 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms