Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS29Q9UBQ0 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms