Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
RPUSD4Q96CM3 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms