Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 MASP2-201ENST00000400897 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 KCNJ10-204ENST00000637644 1239 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.182e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 KLHL25-201ENST00000337975 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.182e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 SMIM7-213ENST00000594662 1076 ntTSL 213.52□□□□□ -0.259e-9■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 KCNJ10-210ENST00000640914 565 ntTSL 513.33□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 AC008764.4-201ENST00000593962 468 ntTSL 213.18□□□□□ -0.39e-9■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RBM19-202ENST00000392561 3574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.412e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 AC008764.4-205ENST00000593459 222 ntAPPRIS P1 TSL 311.85□□□□□ -0.519e-9■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 PDIA3-201ENST00000300289 3727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.523e-14■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 SMIM7-221ENST00000627144 2171 ntTSL 1 (best) BASIC11.79□□□□□ -0.523e-10■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 COX15-202ENST00000370483 2788 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.562e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 NAT10-209ENST00000534509 420 ntTSL 311.02□□□□□ -0.653e-18■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 AC068205.2-201ENST00000532864 771 ntTSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.722e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 SMIM7-210ENST00000593404 1065 ntTSL 28.68□□□□□ -1.023e-10■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 MKI67-201ENST00000368653 11417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.75□□□□□ -1.492e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 AL513302.2-201ENST00000562313 1842 ntBASIC5.35□□□□□ -1.552e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 CD59-202ENST00000395850 1889 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.486e-11■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 CD59-203ENST00000415002 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.41□□□□□ -0.746e-11■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 CD59-211ENST00000528987 3716 ntTSL 1 (best)7.38□□□□□ -1.236e-11■■■■■ 27.3
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UPF1Q92900 PGRMC1-201ENST00000217971 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.591e-10■■■■■ 27.3
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UPF1Q92900 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.492e-6■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.942e-6■■■■■ 27.3
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UPF1Q92900 ATP6V0A1-201ENST00000264649 4110 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.83□□□□□ -0.684e-8■■■■■ 27.3
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UPF1Q92900 IGSF1-201ENST00000361420 4378 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.772e-9■■■■■ 27.3
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UPF1Q92900 IGSF1-206ENST00000370910 4406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.78□□□□□ -12e-9■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.082e-6■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 DTYMK-202ENST00000400770 1089 ntTSL 1 (best)24.4■■□□□ 1.52e-6■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 C2orf82-206ENST00000467665 2782 ntTSL 1 (best)18.25■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.043e-11■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 23e-11■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.283e-11■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 ISOC2-207ENST00000590921 2283 ntTSL 219.11■□□□□ 0.653e-11■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 SLC35D1-201ENST00000235345 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.183e-9■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 GTPBP1-210ENST00000484971 582 ntTSL 322.26■■□□□ 1.152e-12■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 GTPBP1-203ENST00000458073 1350 ntTSL 518.97■□□□□ 0.632e-12■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.12e-12■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 P2RX1-203ENST00000572418 2945 ntTSL 216.61■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 P2RX1-201ENST00000225538 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.58□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 27.3
UPF1Q92900 C1RL-206ENST00000539803 1038 ntTSL 514.08□□□□□ -0.166e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 C1RL-211ENST00000545280 449 ntTSL 3 BASIC13.81□□□□□ -0.26e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 C1RL-201ENST00000266542 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.426e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 TIMM29-202ENST00000588807 859 ntTSL 520.44■□□□□ 0.861e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 INF2-208ENST00000481338 1102 ntTSL 226.24■■□□□ 1.792e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 INF2-209ENST00000617571 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.042e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 INF2-201ENST00000252527 3050 ntTSL 214.56□□□□□ -0.082e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.112e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 INF2-202ENST00000330634 7578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.342e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-206ENST00000505618 1225 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20■□□□□ 0.791e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.541e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.361e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-219ENST00000614836 2114 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.271e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-207ENST00000507851 814 ntTSL 316.14■□□□□ 0.171e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-217ENST00000610353 2268 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.011e-6■■■■■ 27.2
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