Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
NPHP3Q7Z494 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
NPHP3Q7Z494 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms