Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHHQ15465 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHHQ15465 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHHQ15465 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SHHQ15465 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SHHQ15465 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SHHQ15465 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SHHQ15465 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SHHQ15465 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHHQ15465 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
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