Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
IFT88Q13099 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
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IFT88Q13099 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
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IFT88Q13099 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
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IFT88Q13099 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
IFT88Q13099 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms