Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TNFRSF4P43489 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.8 ms