Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
HLA-DOAP06340 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HLA-DOAP06340 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms