Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS28Q9UK41 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS28Q9UK41 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms