Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP40Q9NVE5 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP40Q9NVE5 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms