Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SMC4Q9NTJ3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SMC4Q9NTJ3 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms