Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.6 ms