Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	REC102	YLR329W	795 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	REH1	YLR387C	1299 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YLR400W	YLR400W	474 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	AEP1	YMR064W	1557 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	SRL1	YOR247W	633 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YPL088W	YPL088W	1029 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	FAS1	YKL182W	6156 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	ORC1	YML065W	2745 nt		3.23	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YFL015C	YFL015C	495 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	LOC1	YFR001W	615 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YFH7	YFR007W	1062 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	RNR2	YJL026W	1200 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YJR020W	YJR020W	333 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	SMA2	YML066C	1110 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	TVP18	YMR071C	504 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	TSR4	YOL022C	1227 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YBR201C-A	YBR201C-A	204 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YCL002C	YCL002C	792 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	YCL007C	YCL007C	393 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	DUN1	YDL101C	1542 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	SPT16	YGL207W	3108 nt		3.22	□□□□□ -1.89
SHP1	P34223	EMP70	YLR083C	2004 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	PUG1	YER185W	912 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YGR160W	YGR160W	612 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YHR214C-D	YHR214C-D	294 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YAL031W-A	YAL031W-A	309 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YKL115C	YKL115C	393 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YAR069C	YAR069C	294 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	GCN1	YGL195W	8019 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	VIP1	YLR410W	3441 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	IRC3	YDR332W	2070 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	VPS33	YLR396C	2076 nt		3.21	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	KRE2	YDR483W	1329 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YNL284C-A	YNL284C-A	1323 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	SEA4	YBL104C	3117 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	NSE4	YDL105W	1209 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	CLB3	YDL155W	1284 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YEL057C	YEL057C	702 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YGR226C	YGR226C	210 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	PRM6	YML047C	1059 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ATP11	YNL315C	957 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	Q0017	Q0017	162 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	MDM1	YML104C	3384 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	FLO5	YHR211W	3228 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	VPS17	YOR132W	1656 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YLR177W	YLR177W	1887 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	SSE2	YBR169C	2082 nt		3.2	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ILS1	YBL076C	3219 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	BEM4	YPL161C	1902 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ARF1	YDL192W	546 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YFL012W-A	YFL012W-A	375 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YJR037W	YJR037W	384 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RPA12	YJR063W	378 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	TPK3	YKL166C	1197 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YKT6	YKL196C	603 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YNL013C	YNL013C	378 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	VAM10	YOR068C	345 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RRP15	YPR143W	753 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	CMD1	YBR109C	444 nt		3.19	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	TPO5	YKL174C	1857 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RAV2	YDR202C	1056 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RSM18	YER050C	417 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YJL133C-A	YJL133C-A	225 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ATG27	YJL178C	816 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RPL6B	YLR448W	531 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YPL276W	YPL276W	438 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YPR050C	YPR050C	414 nt		3.18	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	JJJ1	YNL227C	1773 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	XRN1	YGL173C	4587 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ARG2	YJL071W	1725 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	MDM36	YPR083W	1740 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	SLU7	YDR088C	1149 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ERP6	YGL002W	651 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RPL1B	YGL135W	654 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YIP5	YGL161C	933 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YHL005C	YHL005C	393 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	VMA5	YKL080W	1179 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RPL1A	YPL220W	654 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YPR147C	YPR147C	915 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	APD1	YBR151W	951 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	TOP1	YOL006C	2310 nt		3.17	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ZDS2	YML109W	2829 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	SMT3	YDR510W	306 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	AST2	YER101C	1293 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YGR039W	YGR039W	312 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	LST7	YGR057C	729 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	QCR10	YHR001W-A	234 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	IME1	YJR094C	1083 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YKL069W	YKL069W	543 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	YLR416C	YLR416C	399 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	GIM5	YML094W	492 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	INO4	YOL108C	456 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	HHF1	YBR009C	312 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	snR35	snR35	204 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	ADF1	YCL058W-A	342 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	RPA190	YOR341W	4995 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	KAP95	YLR347C	2586 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	FUN30	YAL019W	3396 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	PFK26	YIL107C	2484 nt		3.16	□□□□□ -1.9
SHP1	P34223	VPS64	YDR200C	1815 nt		3.16	□□□□□ -1.9

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