Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Lmx1aQ9JKU8 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Lmx1aQ9JKU8 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Lmx1aQ9JKU8 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Lmx1aQ9JKU8 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Lmx1aQ9JKU8 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Lmx1aQ9JKU8 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Lmx1aQ9JKU8 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
Lmx1aQ9JKU8 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Lmx1aQ9JKU8 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
Lmx1aQ9JKU8 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.1 ms