Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKU8

Lmx1a, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, mousemouse

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1aQ9JKU8 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC39.8■■■■□ 3.96
Lmx1aQ9JKU8 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
Lmx1aQ9JKU8 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
Lmx1aQ9JKU8 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
Lmx1aQ9JKU8 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC34.46■■■■□ 3.11
Lmx1aQ9JKU8 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Lmx1aQ9JKU8 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
Lmx1aQ9JKU8 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
Lmx1aQ9JKU8 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
Lmx1aQ9JKU8 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
Lmx1aQ9JKU8 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Lmx1aQ9JKU8 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Lmx1aQ9JKU8 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
Lmx1aQ9JKU8 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Lmx1aQ9JKU8 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
Lmx1aQ9JKU8 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
Lmx1aQ9JKU8 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
Lmx1aQ9JKU8 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Lmx1aQ9JKU8 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
Lmx1aQ9JKU8 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC31.92■■■□□ 2.7
Lmx1aQ9JKU8 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
Lmx1aQ9JKU8 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
Lmx1aQ9JKU8 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
Lmx1aQ9JKU8 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
Lmx1aQ9JKU8 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
Lmx1aQ9JKU8 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
Lmx1aQ9JKU8 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
Lmx1aQ9JKU8 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
Lmx1aQ9JKU8 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
Lmx1aQ9JKU8 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
Lmx1aQ9JKU8 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
Lmx1aQ9JKU8 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Lmx1aQ9JKU8 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
Lmx1aQ9JKU8 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
Lmx1aQ9JKU8 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
Lmx1aQ9JKU8 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
Lmx1aQ9JKU8 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
Lmx1aQ9JKU8 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
Lmx1aQ9JKU8 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Lmx1aQ9JKU8 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Lmx1aQ9JKU8 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
Lmx1aQ9JKU8 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
Lmx1aQ9JKU8 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
Lmx1aQ9JKU8 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC30.2■■■□□ 2.42
Lmx1aQ9JKU8 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC30.11■■■□□ 2.41
Lmx1aQ9JKU8 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
Lmx1aQ9JKU8 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
Lmx1aQ9JKU8 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Lmx1aQ9JKU8 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Lmx1aQ9JKU8 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
Lmx1aQ9JKU8 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC29.84■■■□□ 2.37
Lmx1aQ9JKU8 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Lmx1aQ9JKU8 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
Lmx1aQ9JKU8 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Lmx1aQ9JKU8 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Lmx1aQ9JKU8 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Lmx1aQ9JKU8 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Lmx1aQ9JKU8 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Lmx1aQ9JKU8 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
Lmx1aQ9JKU8 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Lmx1aQ9JKU8 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
Lmx1aQ9JKU8 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Lmx1aQ9JKU8 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Lmx1aQ9JKU8 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Lmx1aQ9JKU8 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Lmx1aQ9JKU8 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Lmx1aQ9JKU8 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Lmx1aQ9JKU8 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Lmx1aQ9JKU8 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
Lmx1aQ9JKU8 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Lmx1aQ9JKU8 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Lmx1aQ9JKU8 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Lmx1aQ9JKU8 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
Lmx1aQ9JKU8 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Lmx1aQ9JKU8 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Lmx1aQ9JKU8 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Lmx1aQ9JKU8 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
Lmx1aQ9JKU8 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Lmx1aQ9JKU8 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Lmx1aQ9JKU8 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Lmx1aQ9JKU8 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Lmx1aQ9JKU8 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Lmx1aQ9JKU8 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Lmx1aQ9JKU8 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Lmx1aQ9JKU8 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
Lmx1aQ9JKU8 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Lmx1aQ9JKU8 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Lmx1aQ9JKU8 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Lmx1aQ9JKU8 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Lmx1aQ9JKU8 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Lmx1aQ9JKU8 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Lmx1aQ9JKU8 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Lmx1aQ9JKU8 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Lmx1aQ9JKU8 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 107.1 ms