Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC3Q9BQI4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC3Q9BQI4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC3Q9BQI4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC3Q9BQI4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC3Q9BQI4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms