Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.28■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
NUP88Q99567 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC31.26■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC31.24■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC31.22■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
NUP88Q99567 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC31.19■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC31.19■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC31.18■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC31.16■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
NUP88Q99567 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
NUP88Q99567 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC31.03■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
NUP88Q99567 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC31.01■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.99■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC30.98■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC30.95■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.95■■■□□ 2.55
NUP88Q99567 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
NUP88Q99567 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
NUP88Q99567 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
NUP88Q99567 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms