Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms