Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC42Q96M95 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC42Q96M95 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC42Q96M95 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC42Q96M95 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC42Q96M95 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC42Q96M95 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC42Q96M95 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC42Q96M95 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC42Q96M95 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms