Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
SYNE4Q8N205 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.82■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
SYNE4Q8N205 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.72■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC33.7■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
SYNE4Q8N205 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.67■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
SYNE4Q8N205 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC33.61■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
SYNE4Q8N205 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC33.53■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.96
SYNE4Q8N205 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
SYNE4Q8N205 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
SYNE4Q8N205 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC33.38■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.34■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
SYNE4Q8N205 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.31■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
SYNE4Q8N205 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms