Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC40.94■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.93■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC40.92■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.92■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.9■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.9■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.9■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.9■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC40.9■■■■■ 4.14
TCOF1Q13428 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.88■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC40.88■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC40.88■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC40.88■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.87■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC40.86■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC40.86■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.86■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC40.85■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC40.84■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.83■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.83■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC40.83■■■■■ 4.13
TCOF1Q13428 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.8■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC40.78■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC40.78■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC40.78■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC40.77■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.77■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.77■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.77■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.77■■■■■ 4.12
TCOF1Q13428 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC40.75■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC40.74■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC40.74■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC40.73■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.73■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC40.73■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.71■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC40.71■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC40.7■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC40.7■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC40.7■■■■■ 4.11
TCOF1Q13428 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC40.69■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC40.69■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.68■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.68■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC40.68■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC40.67■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.64■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC40.64■■■■■ 4.1
TCOF1Q13428 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC40.63■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.62■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC40.61■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.61■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC40.61■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.61■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.6■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.59■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.59■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.58■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC40.58■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.58■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC40.57■■■■■ 4.09
TCOF1Q13428 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC40.57■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.55■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC40.55■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC40.55■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.55■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC40.55■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.55■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC40.53■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.53■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.53■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC40.52■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC40.51■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
TCOF1Q13428 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.5■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC40.5■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC40.49■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC40.49■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC40.48■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
TCOF1Q13428 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC40.43■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC40.4■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC40.39■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC40.38■■■■■ 4.06
TCOF1Q13428 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.38■■■■■ 4.06
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