Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH2P43246 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
MSH2P43246 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
MSH2P43246 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
MSH2P43246 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
MSH2P43246 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
MSH2P43246 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSH2P43246 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSH2P43246 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
MSH2P43246 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
MSH2P43246 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
MSH2P43246 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
MSH2P43246 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH2P43246 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH2P43246 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH2P43246 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH2P43246 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH2P43246 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
MSH2P43246 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
MSH2P43246 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
MSH2P43246 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
MSH2P43246 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
MSH2P43246 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
MSH2P43246 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
MSH2P43246 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
MSH2P43246 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
MSH2P43246 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
MSH2P43246 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
MSH2P43246 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
MSH2P43246 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
MSH2P43246 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
MSH2P43246 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
MSH2P43246 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
MSH2P43246 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
MSH2P43246 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
MSH2P43246 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSH2P43246 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSH2P43246 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
MSH2P43246 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
MSH2P43246 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
MSH2P43246 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
MSH2P43246 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
MSH2P43246 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
MSH2P43246 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH2P43246 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH2P43246 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH2P43246 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH2P43246 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH2P43246 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH2P43246 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH2P43246 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH2P43246 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH2P43246 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH2P43246 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH2P43246 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH2P43246 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSH2P43246 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSH2P43246 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSH2P43246 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSH2P43246 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
MSH2P43246 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
MSH2P43246 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
MSH2P43246 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
MSH2P43246 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
MSH2P43246 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
MSH2P43246 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
MSH2P43246 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
MSH2P43246 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSH2P43246 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSH2P43246 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH2P43246 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH2P43246 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH2P43246 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH2P43246 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
MSH2P43246 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
MSH2P43246 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
MSH2P43246 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
MSH2P43246 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
MSH2P43246 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH2P43246 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH2P43246 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH2P43246 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
MSH2P43246 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH2P43246 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH2P43246 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH2P43246 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH2P43246 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH2P43246 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSH2P43246 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSH2P43246 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSH2P43246 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSH2P43246 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSH2P43246 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSH2P43246 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH2P43246 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH2P43246 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH2P43246 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH2P43246 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
MSH2P43246 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
MSH2P43246 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms