Protein–RNA interactions for Protein: P35398

RORA, Nuclear receptor ROR-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 523 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RORAP35398 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RORAP35398 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RORAP35398 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RORAP35398 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RORAP35398 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RORAP35398 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RORAP35398 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RORAP35398 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RORAP35398 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RORAP35398 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RORAP35398 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RORAP35398 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RORAP35398 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RORAP35398 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
RORAP35398 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RORAP35398 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RORAP35398 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RORAP35398 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RORAP35398 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
RORAP35398 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
RORAP35398 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
RORAP35398 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
RORAP35398 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RORAP35398 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
RORAP35398 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RORAP35398 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RORAP35398 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RORAP35398 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
RORAP35398 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RORAP35398 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RORAP35398 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RORAP35398 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RORAP35398 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RORAP35398 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RORAP35398 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RORAP35398 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
RORAP35398 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RORAP35398 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RORAP35398 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RORAP35398 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RORAP35398 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RORAP35398 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RORAP35398 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RORAP35398 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
RORAP35398 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RORAP35398 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
RORAP35398 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RORAP35398 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RORAP35398 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RORAP35398 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RORAP35398 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RORAP35398 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RORAP35398 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RORAP35398 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RORAP35398 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
RORAP35398 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RORAP35398 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RORAP35398 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
RORAP35398 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RORAP35398 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RORAP35398 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RORAP35398 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RORAP35398 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RORAP35398 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RORAP35398 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
RORAP35398 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RORAP35398 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RORAP35398 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RORAP35398 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RORAP35398 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RORAP35398 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RORAP35398 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RORAP35398 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RORAP35398 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RORAP35398 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RORAP35398 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RORAP35398 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
RORAP35398 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
RORAP35398 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RORAP35398 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RORAP35398 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
RORAP35398 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RORAP35398 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RORAP35398 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
RORAP35398 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
RORAP35398 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
RORAP35398 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RORAP35398 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RORAP35398 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RORAP35398 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
RORAP35398 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
RORAP35398 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
RORAP35398 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
RORAP35398 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms