Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMCH1Q9UPQ0 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIMCH1Q9UPQ0 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms