Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCAL1Q9NZC9 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms