Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms