Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP4Q13107 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP4Q13107 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP4Q13107 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP4Q13107 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP4Q13107 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
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