Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

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Length 385 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCB1Q12824 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms