Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS4AQ9UN37 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms