Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC113Q9H0I3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC113Q9H0I3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms