Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
RPUSD4Q96CM3 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
RPUSD4Q96CM3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms