Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC54Q8NEL0 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CCDC54Q8NEL0 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms