Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
NPHP3Q7Z494 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
NPHP3Q7Z494 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms