Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL4A4P53420 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms