Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CTCFP49711 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CTCFP49711 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CTCFP49711 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CTCFP49711 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CTCFP49711 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CTCFP49711 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CTCFP49711 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CTCFP49711 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CTCFP49711 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CTCFP49711 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CTCFP49711 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CTCFP49711 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CTCFP49711 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CTCFP49711 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CTCFP49711 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CTCFP49711 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms