Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HOXD3P31249 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms