Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
COL6A1P12109 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL6A1P12109 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms