Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMCH1Q9UPQ0 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMCH1Q9UPQ0 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms