Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
VPS28Q9UK41 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS28Q9UK41 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms