Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
PCIF1Q9H4Z3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms