Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
HDAC4P56524 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
HDAC4P56524 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms