Protein–RNA interactions for Protein: P35244

RPA3, Replication protein A 14 kDa subunit, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 121 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPA3P35244 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPA3P35244 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPA3P35244 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
RPA3P35244 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPA3P35244 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
RPA3P35244 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
RPA3P35244 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPA3P35244 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
RPA3P35244 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPA3P35244 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPA3P35244 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPA3P35244 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
RPA3P35244 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
RPA3P35244 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
RPA3P35244 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
RPA3P35244 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
RPA3P35244 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPA3P35244 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPA3P35244 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPA3P35244 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms